Первичные документы могут быть подписаны простой и/или усиленной неквалифицированной электронной подписью. Причем, какая подпись будет использоваться при подписании первички, решают сами участники электронного документооборота, т.е. контрагенты.

А вот применение именно усиленной квалифицированной электронной подписи обязательно:

• при выставлении электронных счетов-фактур;
• при взаимодействии с налоговиками, в т.ч. при подаче отчетности в электронном виде.

Источник: Письмо Минфина от 12.09.2017 N 03-03-06/1/58456